小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬eee。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长配音）和好朋友橘真琴（铃木达央配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
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